Desde 2019, fundaciones, corporaciones y asociaciones sin ánimo de lucro del Régimen Tributario Especial han discutido si están exentas de pagar aportes parafiscales al SENA, ICBF y salud. El Consejo de Estado acaba de cerrar el debate, y la respuesta no es la que muchos esperaban. Una sentencia reciente confirma con autoridad jurisprudencial lo que la DIAN venía sosteniendo desde hace siete años: las ESAL deben aportar como cualquier otro empleador, sin importar el procedimiento que hayan surtido para acceder al régimen especial.
El procedimiento de calificación o de permanencia en el RTE no genera tratamientos tributarios diferenciados. Todas las fundaciones y corporaciones del régimen especial están obligadas a aportar al SENA, al ICBF y al subsistema de salud.
El origen de la discusión se remonta al 4 de abril de 2019, cuando la Subdirección de Gestión Normativa y Doctrina de la DIAN profirió el Oficio 8089. Allí concluyó que las fundaciones y corporaciones que pertenecen al Régimen Tributario Especial no están cobijadas por la exoneración del artículo 114-1 del Estatuto Tributario, sin importar si accedieron al régimen mediante el proceso de calificación o el de permanencia. La interpretación generó inquietud en el sector. Algunos asesores sostuvieron que el parágrafo 2 del artículo 114-1, modificado por la Ley 1943 de 2018 y replicado por la Ley 2010 de 2019, solo obligaba a aportar a las entidades en proceso de calificación, dejando exoneradas a las que ya estaban en el régimen y solo debían demostrar su permanencia. Un contribuyente llevó el debate al Consejo de Estado y solicitó la nulidad del oficio.
El 12 de febrero de 2026, la Sección Cuarta de la Sala de lo Contencioso Administrativo, con ponencia del consejero Wilson Ramos Girón, profirió la Sentencia 28371 dentro del expediente 11001-03-27-000-2023-00052-00. La Sala negó las pretensiones de la demanda y acogió una interpretación teleológica e histórica del artículo 114-1, descartando la lectura literal que proponía el demandante. El razonamiento se apoya en tres pilares: primero, el origen de la norma fue mantener los beneficios del extinto impuesto CREE para los contribuyentes del régimen ordinario, y las ESAL nunca fueron sujetas al CREE; segundo, la exposición de motivos de la Ley 1943 de 2018 muestra que la modificación buscaba excluir a las cooperativas de la obligación, no eximir a las fundaciones y corporaciones en permanencia; y tercero, crear una distinción entre ESAL calificadas y ESAL en permanencia para efectos parafiscales carecería de justificación razonable y vulneraría los principios constitucionales de igualdad, equidad, eficiencia y progresividad tributaria.
El contenido interpretativo definitivo de la sentencia, fijado por la propia Sala, es claro: las fundaciones y corporaciones que pertenezcan o pretendan acceder al RTE no están cobijadas por la exención de aportes a favor del SENA, el ICBF y del régimen contributivo del subsistema de salud del Sistema de Protección Social. La decisión es de única instancia, sin condena en costas, y cierra el debate jurisprudencial.
Lo que esto significa para su organización
Si su entidad es una fundación, corporación o asociación sin ánimo de lucro clasificada en el Régimen Tributario Especial, con responsabilidad 04 en el RUT, debe asegurarse de tres cosas. Primero, que está pagando los aportes a SENA, ICBF y salud por la totalidad de su nómina, sin acogerse a la exoneración del primer inciso del artículo 114-1. Segundo, que su política contable refleja esta obligación de manera explícita. Tercero, que sus declaraciones de retención, conciliaciones de PILA y registros en la cuenta 2370 están alineados con esta interpretación, vigente desde 2019 pero ahora ratificada con fuerza jurisprudencial. Si en algún momento del periodo 2019-2025 dejó de aportar amparándose en la creencia opuesta, vale la pena revisar antes de que un hallazgo de auditoría lo encuentre primero. Lo más relevante de esta sentencia no es que cambie las cosas, sino que las confirma con autoridad. Para las ESAL que ya cumplían correctamente, es tranquilidad. Para las que se acogieron a la interpretación opuesta, es una alerta para regularizar antes de la próxima fiscalización.
En GESCONT acompañamos a varias asociaciones del Urabá en el cumplimiento de su régimen tributario especial, y estamos a su disposición para una verificación rápida del estado de sus aportes parafiscales a la luz de esta sentencia.
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